據澳媒披露，澳中兩國大學之間的合作辦學機構達到了150家，一些機構涉及潛艇和網路戰項目等國防領域，有的合作學院公然設有黨委會，學習習近平思想。而澳洲大學則淡化合作風險，令澳洲智庫專家「深感不安」。

據《澳洲人報》證實，其中一些澳洲大學的中方合作夥伴，如山東大學、中國海洋大學和東南大學，與中共的軍事研究有著密切、甚至高度敏感的聯繫。

海德學院是阿德萊德大學與中國海洋大學的合作學院，海德學院的網頁顯示，它服務於中共的「國家戰略」，並設有一個中共黨委會，負責宣傳中共的政策。

澳洲戰略政策研究所（ASPI）稱，中國海洋大學與中共軍方在海洋科技研究方面開展合作，其中包括與中共海軍潛艇學院合作開展的項目。

中國海洋大學在海德學院所在的青島嶗山校區舉辦過中共解放軍徵兵活動和軍事訓練，並在其網站上展示了持槍的解放軍士兵。

阿德萊德大學淡化了人們對其與中國海洋大學關係的擔憂，稱「阿德萊德大學支持澳洲政府的國家安全議程，在進行任何國際活動之前優先考慮外國合規義務。」

著名中國問題專家、作家克萊夫·漢密爾頓教授（Clive Hamilton）表示，澳洲大學稱在與這些中國大學合作時「堅持學術自由」，但「實際上他們願意對學術自由做出相當靈活的解釋——總是朝著中共的方向傾斜」。「金錢會說話，而且它會說普通話。」

西塔學院（Westa College）是塔斯馬尼亞大學、西澳大學和中國西南大學重慶分校的合作學院，西塔學院現任院長趙玉芳是全國人民代表大會代表。

西塔學院的網站顯示，今年5月該學院舉辦了一次深入學習 「習近平社會主義思想」的活動，而且該校有自己的黨委會。

塔斯馬尼亞大學稱，該校與外國大學的所有合作都經過了「仔細的潛在風險評估，包括外國干涉的風險」。而西澳大學表示，「該大學遵守所有與國家安全相關的立法」。

莫納什大學與中國蘇州東南大學（SEU）合作成立了聯合研究生院，ASPI將東南大學列為「高風險」學校，因為該校「國防研究水平高」，而且與網路間諜攻擊有關聯，並與一家培訓、招募解放軍網路官員的公司關係密切。

山東大學澳國立聯合理學院（SDU-ANU JOINT SCIENCE COLLEGE）是澳洲國立大學和山東大學的合作學校，總部位於威海，據ASPI稱，山東大學受中共國家國防科工局監管，負責核武器、軍備和其他國防工業。該校擁有三個中共國防實驗室，其中一個被指控為解放軍進行網路攻擊。

但莫納什大學和澳洲國立大學的發言人均輕描淡寫地表示，在（政府協定的）指導方針內適當、一致地管理外國干擾風險。與合作夥伴經歷關係時經過了全面的盡職調查流程，並定期進行監控和評估。