为了遏制病毒的传播，澳洲各州和领地纷纷实行边界限制规定。有专家表示，全澳分发疫苗才能提供足够的群体免疫，从而减弱公共卫生应对措施，州界限制规定至少将持续六个月之久
据时代报1月13日报道，墨尔本大学流行病学家Tony Blakely表示，更易传播的变种病毒和阿斯利康疫苗出现的新问题，可能会导致澳洲各地正常旅行和商业恢复的时间进一步被推迟。他还说，要等到年中才能够有足够的澳洲人接种疫苗，澳洲才会开始获得部分群体免疫，让一切状况平静下来，所需时间甚至可能更长。
报道称，边界限制规定给商业和出行者带来了持续的挫折和不确定性。悉尼大学宪法学专家Anne Twomey表示，虽然联邦可以立法控制包括州界在内的所有防疫措施，但疫情危机暴露了联邦政府权力的局限性。
总理莫里森已经表示，将放弃2020年未能成功的游说活动，即说服各州采用联邦对疫情热点地区的定义，从而使政策更加一致。莫里森支持各州保持一致性，但他也多次表示各州有权自行做出公共卫生决策。
周二（1月12日）在被问及全澳疫情热点地区的定义时，联邦卫生部长Greg Hunt也与莫里森口径一致。他回应称，“我们希望所有人自由定义，但如果其他人选择不一样的做法，我们会表示尊重。”
墨尔本大学教授Cheryl Saunders是宪法和公法领域的专家。她说，目前尚不清楚是否有政府（州或联邦政府）控制澳洲国内边界。这一流行病没有暴露出联邦体制的弱点，反而显示出我们各级政府的工作“令人惊讶的出色”。
目前，每个州和领地都对其他辖区的疫情做出了自己的应对方案。维州实行交通信号灯系统（ ‘traffic-light’ permit system），并将全澳各地分为疫情红区、橙区或绿区；西澳则根据自己的标准来界定极低、低和中风险地区；塔州则采用了国家对疫情热点区的；而目前新州则没有任何边界限制。
